Quando Kane si avvicina ad una di esse, l'uovo si apre e salta fuori un piccolo organismo alieno che gli si attacca al viso. Kane viene riportato a bordo, e messo sotto osservazione. La rimozione dell'alieno risulta impossibile perché esso ha dell'acido molecolare al posto del sangue, ed è impossibile ucciderlo senza uccidere anche Kane. Improvvisamente l'alieno sembra morire, e Kane si risveglia senza ricordare nulla. L'alieno aveva però inseminato Kane con un embrione. L'embrione si sviluppa rapidamente all'interno del corpo del malcapitato, provocandone infine la morte quando ne fuoriesce, squarciandogli il petto.

Comincia una disperata caccia all'alieno a bordo della Nostromo, ma l'alieno muta forma e diventa sempre più grosso ed aggressivo, ed è in effetti l'alieno ad eliminare, uno alla volta, tutti i membri dell'equipaggio. Le persone a bordo, oltre alla minaccia dell'alien, devono lottare anche contro l'ufficiale scientifico, Ash, che si rivela essere un androide messo a bordo della Nostromo dalla Compagnia appositamente per garantire che un esemplare alieno arrivi a loro, sulla Terra, anche a costo di sacrificare l'intero equipaggio. Alla fine, l'ufficiale navigatore Ellen Ripley (interpretata da Sigourny Weaver) è l'unica sopravvissuta (assieme al gatto di bordo): uccide infatti l'alieno, dopo aver distrutto l'intera Nostromo ed essere fuggita a bordo della navetta di salvataggio, la Narcissus. Il film termina con Ripley ed il gatto che entrano in ipersonno mente la Narcissus viaggia verso la Terra.